Hasta ahora hemos visto como definir una red neuronal y como entrenarla. El último paso que nos queda es saber si la red ha funcionado correctamente. Pero ¿Eso no se hacía con la función de coste? Pues no exactamente. La función de coste se usa para ayudar a ajustar los parámetros durante el entrenamiento mediante los datos de entrada pero no para saber si el modelo es bueno. Para saber si el modelo es bueno , se usan las métricas.
Las métricas son muy parecidas a las funciones de coste pero hay métricas que no existen como función de coste. El muchos casos la métrica será la misma que la función de coste.
En el método fit
de Keras tenemos un nuevo parámetro para indicar la métrica llamado metrics
que contiene un array con todas las métricas que queremos tener en nuestra red mientras se va entrenando
model.compile(loss="binary_crossentropy",optimizer=tf.keras.optimizers.SGD(learning_rate=0.01),metrics=["binary_accuracy"]) history=model.fit(x,y_true,epochs=20,verbose=False)
Para obtener los valores de la métrica en cada época se usa la siguiente línea
history.history['binary_accuracy']
Acabamos de ver que entrenando la red neuronal , el error se consigue bajar a prácticamente cero. Es decir que los valores de los parámetros , pesos (weight) y sesgos bias, debe ser muy buenos. No exactamente. Resulta que los parámetros se han ajustado a los datos que le hemos pasado, pero ¿Como es de bueno el modelo para nuevos datos que no ha visto? Realmente ver como se comporta con datos nuevos y con los datos que ha ya visto es lo que nos va a decir como es de bueno nuestro modelo. Así que pasemos a ver como sacar las métricas también con datos nuevos.
Lo primero es averiguar de donde obtenemos nuevos datos. Normalmente no tenemos nuevos datos así que lo que hacemos es que solo vamos a entrenar nuestra red neuronal con el 80% de los datos y el 20% restante los guardaremos para validar la red neuronal. Eso lo vamos a hacer con la función train_test_split de scikit-learn
from sklearn.model_selection import train_test_split x_train, x_test, y_train, y_test = train_test_split(x, y_true, test_size=0.2, random_state=42)
La función train_test_split
tiene los siguientes argumentos:
test_size
: La fracción de datos que se va a usar para la validación.Es un valor de 0.0 a 1.0. Siendo 0.0 que no hay datos para validación y 1.0 que todos sería para validación.Un valor aceptable de test_size
es entre 0.2
a 0.3
. random_state
: Es para que sea reproducible el generador de los números aleatorios. x_train
: Array con la x
de los datos de entrenamientox_test
: Array con la x
de los datos de validación y_train
: Array con la y
de los datos de entrenamientoy_test
: Array con la y
de los datos de validaciónY ahora a Keras se los tenemos que pasar así:
history=model.fit(x_train,y_train,validation_data=(x_test,y_test),epochs=epochs,verbose=False)
Lo datos de entrenamiento se pasan igual que antes pero los de validación se pasan en en un tupla en un parámetro llamado validation_data
.
Por último tenemos que obtener la métrica para los datos de validación. Se obtiene igual que antes pero el nombre de la métrica empieza por val_
history.history['val_binary_accuracy']
Veamos un ejemplo completo:
import numpy as np import tensorflow as tf import numpy as np import pandas as pd import keras import random from keras.models import Sequential from keras.layers import Dense from sklearn.datasets import load_iris import matplotlib.pyplot as plt from sklearn.model_selection import train_test_split iris=load_iris() x=iris.data[0:99,2] y_true=iris.target[0:99] np.random.seed(5) tf.random.set_seed(5) random.seed(5) x_train, x_test, y_train, y_test = train_test_split(x, y_true, test_size=0.2, random_state=42) model=Sequential() model.add(Dense(3, input_dim=1,activation="sigmoid",kernel_initializer="glorot_normal")) model.add(Dense(1,activation="sigmoid",kernel_initializer="glorot_normal")) model.compile(loss="binary_crossentropy",optimizer=tf.keras.optimizers.Adam(learning_rate=0.01),metrics=["binary_accuracy"]) history=model.fit(x_train,y_train,validation_data=(x_test,y_test),epochs=40,verbose=False) figure=plt.figure(figsize=(8,6)) axes = figure.add_subplot() axes.plot(history.history['binary_accuracy'],label="Entrenamiento "+str(history.history['binary_accuracy'][-1])) axes.plot(history.history['val_binary_accuracy'],label="Validación "+str(history.history['val_binary_accuracy'][-1])) axes.legend() axes.set_xlabel('Época', fontsize=15,labelpad=20,color="#003B80") axes.set_ylabel('Valor métrica', fontsize=15,labelpad=20,color="#003B80") axes.set_facecolor("#F0F7FF") axes.grid(b=True, which='major', axis='both',color="#FFFFFF",linewidth=1)
Podemos ver en el gráfico que la métrica es muy similar con los datos de validación que con los de entrenamiento. otro detalle importante es que las métricas suelen ser buenas si su valor es 1 (al contrario de las funciones de pérdida en la que lo bueno era un 0)
Para acabar el tema vamos a ver las distintas métricas que existen. Lo primero es indicar nombres tanto en inglés como en español ya que vamos a usar los nombres en inglés
Inglés | Español |
---|---|
Precision | Precisión |
Recall | Exhaustividad |
F1-score | Valor-F |
Accuracy | Exactitud |
Sensitivity | Sensibilidad |
Confusion Matrix | Matriz de Confusión |
True Positive | Positivos Verdaderos |
True Negative | Negativos Verdaderos |
False Positive | Positivos Falsos |
False Negative | Negativos Falsos |
Hay métricas que son exactamente iguales a las funciones de coste como MEA o MSE en los problemas de regresión MAE, MSE. Si ya las usamos como función de coste y queremos usarlas como métricas no es necesario indicarlas como métricas, se puede acceder a ellas de la siguiente forma:
Para mostrar la función de coste en el entrenamiento:
history.history['loss']
Para mostrar la función de coste en la validación:
history.history['val_loss']
Son las métricas que se usan en problemas de regresión. Son casi las mismas que usábamos como funciones de coste.
Es igual que la función de coste de Mean Absolute Error (MAE), así que no explicaremos nada mas sobre ella excepto como se usa en Keras como métrica
Se define como:
metrics=[tf.keras.metrics.MeanAbsoluteError()] metrics=["mean_absolute_error"] metrics=["mae"]
y usarla como
history.history['mean_absolute_error'] history.history['val_mean_absolute_error'] history.history["mae"] history.history["val_mae"]
Mas información:
Es igual que la función de coste de Mean Squared Error (MSE), así que no explicaremos nada mas sobre ella excepto como se usa en Keras como métrica
Se define como:
metrics=[tf.keras.metrics.MeanSquaredError()] metrics=["mean_squared_error"] metrics=["mse"]
y usarla como
history.history['mean_squared_error'] history.history['val_mean_squared_error'] history.history["mse"] history.history["val_mse"]
Mas información:
Es igual que la función de coste de Distancia del coseno, así que no explicaremos nada mas sobre ella excepto como se usa en Keras como métrica
Se define en Keras como:
metrics=[tf.keras.metrics.CosineSimilarity()] metrics=["cosine_similarity"]
y se usa como
history.history['cosine_similarity'] history.history['val_cosine_similarity']
Mas información:
La Root Mean Squared Error (RMSE) o Raiz cuadrada del error cuadrático medio se calcula igual que el MSE pero se le aplica la raíz cuadrada.
Por lo tanto su fórmula es
$$RMSE = \sqrt{MSE}= \sqrt{\frac{1}{N} \sum\limits_{i=1}^{N}(y_{i} - \hat{y_{i}})^2}$$
Ahora vamos a explicar algunas cosas de RMSE.
Se define en Keras como:
metrics=[tf.keras.metrics.RootMeanSquaredError()]
y se usa como
history.history['root_mean_squared_error'] history.history['val_root_mean_squared_error']
Mas información:
El coeficiente de determinación o R² se calcula de la siguiente forma:
$$R^{2} = 1- \frac {\sum\limits_{i=1}^{N} (y_{i} - \hat{y_{i}})^2} {\sum\limits_{i=1}^{N} (y_{i} - \bar{y})^2}$$ $$\bar{y}=\frac {1}{N} \sum\limits_{i=1}^{N} y_{i} - \hat{y_{i}}$$
Siendo:
Ahora vamos a explicar algunas cosas de R²
num_regressors
a la clase RSquare
Se define en Keras como:
metrics=[tfa.metrics.RSquare()]
y se usa como
history.history['r_square']
Mas información:
La elección de una métrica u otra se puede ver en MAE, MSE, RMSE, Coefficient of Determination, Adjusted R Squared — Which Metric is Better? y Know The Best Evaluation Metrics for Your Regression Model
Clasificación con 2 posibles valores es cuando la salida de nuestra red neuronal solo puede tener 2 posibles valores.
Antes de entrar a ver las métricas , es necesario entender lo que son:
Predicción | |||
---|---|---|---|
1 | 0 | ||
Realidad | 1 | TP | FN |
0 | FP | TN |
Puesto con imágenes:
Para explicar todos estos conceptos véase los artículos:
Más información:
En la clasificación binaria los posibles valores son 1
y 0
o True
y False
. Sin embargo nuestra red neuronal suele sacar un valor entre 0
y 1
.
A ese valor se le llama y_score
y en función de un threshold
lo transformamos en el valor predicho o y_pred
.
Si el valor del score
es mayor que el threshold
el valor predicho será un True
mientras que si el valor del score
es menor que el threshold
el valor predicho será un False
Veamos un ejemplo de ello:
y_score=np.array([0.27, 0.45, 0.76, 0.55, 0.28, 0.04, 0.34,0.4, 0.66, 0.88, 0.94,0.47,0.2]) y_pred=y_score>0.5 print(y_pred)
Siendo el resultado
[False False True True False False False False True True True False False]
Por ello la mayoría de nuestras métricas son dependientes del valor que indiquemos de threshold
. Excepto la métrica de AUC
que es independiente del valor de threshold
.
Un ejemplo de lo que acabamos de ver está en las métricas de f1-score
y AUC
de sklearn.
En https://scikit-learn.org/stable/modules/generated/sklearn.metrics.f1_score.html los parámetros de entrada son y_true
e y_pred
mientras que en https://scikit-learn.org/stable/modules/generated/sklearn.metrics.roc_auc_score.html los parámetros de entrada son y_true
e y_score
Accuracy nos indica la proporción de aciertos que ha tenido. Es decir el porcentaje (en tanto por uno) de TP y TN respecto al total
Predicción | |||
---|---|---|---|
1 | 0 | ||
Realidad | 1 | TP | FN |
0 | FP | TN |
$$Binary \: Accuracy = \frac{TN+TP}{TN+TP+FN+FP}$$
Su uso en Keras es
metrics=[tf.keras.metrics.BinaryAccuracy()] metrics=["binary_accuracy"]
y usarla como
history.history['binary_accuracy'] history.history['val_binary_accuracy']
tf.keras.metrics.BinaryAccuracy()
con tf.keras.metrics.Accuracy()
ya que esta última necesita que los valores de $y$ e $\hat{y}$ sean exactamente iguales
Un ejemplo:
y_true = np.array([0.0, 1.0, 0.0, 1.0]) y_pred = np.array([0.1, 0.9, 0.9, 0.1]) metric = tf.keras.metrics.BinaryAccuracy() metric(y_true, y_pred).numpy()
0.5
Más información:
Nos dice el porcentaje (en tanto por uno) de los que hemos acertado como verdaderos respecto a los predichos como verdaderos
Predicción | |||
---|---|---|---|
1 | 0 | ||
Realidad | 1 | TP | FN |
0 | FP | TN |
$$Precision = \frac{TP}{TP+FP}$$
La métrica de Precision es importante cuando nos interesa que no haya muchos falsos positivos. Un ejemplo sería un modelo que predice donde hay yacimientos de petroleo. Un falso positivo implicaría invertir mucho dinero en montar el sistema de extracción de petroleo para que luego no hubiera petroleo.
Su uso en Keras es
metrics=[tf.keras.metrics.Precision()] metrics=["Precision"]
y usarla como
history.history['precision'] history.history['val_precision']
Ejemplo:
y_true = np.array([0.0, 1.0, 1.0, 1.0]) y_pred = np.array([0.9, 0.9, 0.9, 0.1]) metric = tf.keras.metrics.Precision() metric(y_true, y_pred).numpy()
0.6666667
Más información:
Nos dice el porcentaje (en tanto por uno) de los que hemos acertado como verdaderos respecto a los que realmente eran verdaderos
Predicción | |||
---|---|---|---|
1 | 0 | ||
Realidad | 1 | TP | FN |
0 | FP | TN |
$$Precision = \frac{TP}{TP+FN}$$
La métrica de Recall es importante cuando nos interesa que no haya muchos falsos negativos. Un ejemplo sería un modelo que predice si tenemos cáncer. Un falso positivo implicaría que dejaremos sin tratar a una persona que si que tiene cancer.
Su uso en Keras es
metrics=[tf.keras.metrics.Recall()] metrics=["Recall"]
y usarla como
history.history['recall'] history.history['val_recall']
Ejemplo:
y_true = np.array([1.0, 1.0, 1.0, 0.0]) y_pred = np.array([0.9, 0.0, 0.0, 0.9]) metric = tf.keras.metrics.Recall() metric(y_true, y_pred).numpy()
0.33333334
Más información:
Negative Predictive Value (NPV) nos dice el porcentaje (en tanto por uno) de los que hemos acertado como negativos respecto a los predichos como negativos
Predicción | |||
---|---|---|---|
1 | 0 | ||
Realidad | 1 | TP | FN |
0 | FP | TN |
$$Precision = \frac{TN}{TN+FN}$$
La métrica de NPV es importante cuando nos interesa que no haya muchos falsos negativos
En keras no existe esta métrica pero se ha explicado para que estén las principales métricas que se pueden hacer con la matriz de confusión.
En la siguiente tabla se pueden ver las 5 principales métricas.
Es la media armónica entre Recall y Precision que permite combinar en una única métrica ambos valores. Se usa cuando nos interesa un compromiso entre los errores de tipo I (Falsos positivos) y los de tipo II (Falsos negativos). Se ha usado la media armónica ya que tiende atener un valor muy bajo para valores bajos. Por ello no se "cancelan" valores buenos de Recall con valores malos de Precision ya que en ese caso F1-score tenderá a ser bajo por lo que indicará que nuestro modelo es malo.
$$F1{\text -}score=\frac{2}{\frac{1}{Recall}+\frac{1}{Precision}}$$
Pero si sumamos las fracciones y hacemos la división:
$$F1{\text -}score=\frac{2}{\frac{1}{Recall}+\frac{1}{Precision}}= \frac{2}{\frac{Precision}{Recall \cdot Precision}+\frac{Recall}{Precision \cdot Recall}}= \frac{2}{\frac{Precision+Recall}{Recall \cdot Precision}} = \frac{2}{1}: \frac{Precision+Recall}{Recall \cdot Precision} = \frac { 2 \cdot Recall \cdot Precision}{Recall + Precision}$$
Siendo el resultado la formula que se ve como definición de F1-score:
$$F1{\text -}score=2 \cdot \frac {Recall \cdot Precision}{Recall + Precision}$$
La métrica de "F1-score" está en Tensorflow addons que es necesario instalar previamente.
Su uso en Keras es
import tensorflow_addons as tfa metrics=[tfa.metrics.F1Score(num_classes=1, threshold=0.5)]
y usarla como
history.history['f1_score'] history.history['val_f1_score']
F1Score
es necesario pasarle los argumentos:num_classes
con el valor de 1 para clasificaciones binarias.threshold
con el valor que deseemos ya que por defecto su valor es None
lo que implica que solo acepta como True
si el valor es 1, siendo el resto de valores un False
Un ejemplo:
y_true = np.array([0.0, 1.0, 0.0, 1.0]).reshape(-1,1) y_pred = np.array([0.1, 0.9, 0.4, 0.1]).reshape(-1,1) metric = tfa.metrics.F1Score(num_classes=1, threshold=0.5) metric(y_true, y_pred).numpy()[0]
0.6666667
pip install tf-nightly
la métrica de F1-score se encuentra en tf.keras.metrics.F1Score.
Mas información:
Es otra métrica pero que tiene en cuenta que los datos no estén balanceados.
El MMC tiene un valor entre -1 a 1. Siendo:
$$MCC = \frac{ \mathit{TP} \times \mathit{TN} - \mathit{FP} \times \mathit{FN} } {\sqrt{ (\mathit{TP} + \mathit{FP}) ( \mathit{TP} + \mathit{FN} ) ( \mathit{TN} + \mathit{FP} ) ( \mathit{TN} + \mathit{FN} ) } }$$
Podemos hacer uso de la métrica con la función sklearn.metrics.matthews_corrcoef
de sklearn
Ejemplo de uso:
from sklearn.metrics import matthews_corrcoef y_true = [1,1,1,1,0,0,0,0] y_pred = [1,1,1,1,0,0,0,0] print("Valor para una predicción que acierta siempre=",matthews_corrcoef(y_true,y_pred)) y_true = [1,1,1,1,0,0,0,0] y_pred = [1,1,0,0,1,1,0,0] print("Valor para una predicción que acierta la mitad=",matthews_corrcoef(y_true,y_pred)) y_true = [1,1,1,1,0,0,0,0] y_pred = [0,0,0,0,1,1,1,1] print("Valor para una predicción que nunca acierta=",matthews_corrcoef(y_true,y_pred))
Valor para una predicción que acierta siempre= 1.0 Valor para una predicción que acierta la mitad= 0.0 Valor para una predicción que nunca acierta= -1.0
threshold
por lo que solo trabaja con valores de predicción y no de score. Se puede comprobar ya que el siguiente código da el error Classification metrics can't handle a mix of binary and continuous targets
:
from sklearn.metrics import matthews_corrcoef y_true = [1,0] y_pred = [0.9,0.2] matthews_corrcoef(y_true,y_pred)
Además en https://stackoverflow.com/questions/56865344/how-do-i-calculate-the-matthews-correlation-coefficient-in-tensorflow se indica que:
Also please note that MCC values printed from Keras during iterations will be incorrect because of the metric calculation per batch size. You can only trust MCC value from calling "evaluate" or "score" after fitting. This is because MCC for the whole sample is not the sum/average of the parts, unlike the other metrics. For example, if your batch size is one, MCC printed will be zero during iterations.
Mas información:
La Area under the curve (AUC) es una métrica que nos dice el área de una curva ROC. Pero pasemos primero a explicar que es una curva ROC.
Lo primero es que cuando predecimos que ciertos valores son Positivos o Negativos, lo hacemos en base a un umbral. Normalmente si algo es menor o igual que 0.5 decimos que es Negativo
y si es mayor que 0.5 decimos que es Positivo
. Pero ese umbral es arbitrario.
La siguiente imagen muestra la distribución de valores que hemos definido como presuntamente Positivos y los presuntamente Negativos. Si superan ese umbral se convierten en Falsos Positivos o Falsos Negativos.
En las siguientes gráficas vamos a ver como afecta a nuestro modelo el variar el umbral.
Vamos a explicar cada columna de la imagen anterior:
\begin{align} True \: Positive \: Rate \: (TPR) &= \frac{TP}{TP+FN} \\ False \: Positive \: Rate \: (FPR) &= \frac{FP}{FP+TN} \end{align}
X
de la gráfica es el FPR y la Y
de la gráfica es el TPR.Cada una de las filas de la imagen son predicciones distintas, siendo:
Entonces, ¿Que es la Area under the curve (AUC)? Es el área de la curva ROC es decir el área rosa de las gráficas de la última columna. Si nos fijamos cuanto mejor es la predicción, mayor es el área rosa y por lo tanto mayor es la métrica de AUC.
En keras podemos usar la métrica de AUC de la siguiente forma: Su uso en Keras es
metrics=[tf.keras.metrics.AUC()] metrics=["AUC"]
y usarla como
history.history['auc'] history.history['val_auc']
Mas información:
Mas información:
Accuracy nos indica la proporción de aciertos que ha tenido. Es decir el porcentaje (en tanto por uno) de verdaderos positivos y verdaderos negativos
Su uso en keras es:
metrics=[tf.keras.metrics.CategoricalAccuracy()] metrics=["categorical_accuracy"]
y usarla como
history.history['categorical_accuracy'] history.history['val_categorical_accuracy']
Mas información:
Si una red neuronal para detectar si una radiografía es de un tórax ha predicho lo siguiente:
Indica el nº de:
Dibuja la matriz de confusión
Seguimos con la red neuronal que predice si una radiografía es de tórax.
Si para 10 imágenes ha sacado los siguientes resultados:
y_score=np.array([0.27, 0.45, 0.76, 0.55, 0.28, 0.04, 0.34,0.4, 0.66, 0.88, 0.94,0.47,0.2])
Indica para cada valor predicho , si ha predicho que era una imagen de tórax o no.
Seguimos con la red neuronal que predice si una radiografía es de tórax.
Si para 10 imágenes ha sacado los siguientes resultados:
y_score=np.array([0.27, 0.45, 0.76, 0.55, 0.28, 0.04, 0.34,0.4, 0.66, 0.88, 0.94,0.47,0.2])
Pero los valores verdaderos son los siguientes:
y_true=np.array([1,0,1,0,0,0,1,0,1,1,1,1,0])
Indica el nº de:
Dibuja la matriz de confusión
Siguiendo con los datos anteriores y suponiendo que el umbral es 0.5:
y_true=np.array([1,0,1,0,0,0,1,0,1,1,1,1,0]) y_score=np.array([0.27, 0.45, 0.76, 0.55, 0.28, 0.04, 0.34,0.4, 0.66, 0.88, 0.94,0.47,0.2])
Calcula las siguientes métricas:
Crea una red neuronal con los datos de bread cancer con las siguientes características:
[30,64,32,16,8,1]
ELU
20
0.0001
Adam
Muestra la matriz de confusión y calcula las siguientes métricas:
Para ello deberás usar el método predict
para obtener el array y_score
y suponer que el umbral es 0.5. Usa los datos de validación
Vuelve a calcular otra vez las métricas y la matriz de confusión pero ahora con los siguientes umbrales:
0.4
0.5
0.85
¿Cual crees que sería el mejor umbral para esta red? Fíjate como mejora la sensitividad y la especificidad según varia el umbral.
Vuelve a entrenar la red anterior pero ahora muestra las siguientes métricas durante el entrenamiento: